Joachim Meisner liebt die Kontroverse: seine provokantesten Thesen.

Meisner ist kein Freund des Islams: "Toleranz predigt der Islam immer nur dort, wo er in der Minderheit ist", so Meisner in einem Beitrag für die "Bunte" im Jahr 2001.
Meisner forderte den Tyrannenmord: "Aus meiner Sicht wäre es das Beste, Osama bin Ladens habhaft zu werden und ihn anzuklagen. Aber wenn das nicht möglich ist, bleibt der Tyrannenmord die letzte Möglichkeit", sagte Meisner einst der Illustrierten "Bunte" und verglich die Situation um den Terrorfürsten mit der Nazi-Zeit.
Meisner gegen gelebte Homosexualität: Zu der offen gelebten Homosexualität von Berlins Regierendem Bürgermeister sagte Meisner: "Wenn Herr Wowereit für diese sexuelle Tätigkeit eine Lanze brechen will, ist das ein Missbrauch seines politischen Mandats."
Meisner kritisierte Lebenswandel von Kanzler Schröder: "Wo soll unsere Jugend ihre Leitbilder herbekommen, wenn wir etwa politische Mandatsträger haben, die vier Ehefrauen hatten?", sagte Meisner ebenfalls der "Bunten", ohne konkrete Namen zu nennen. Offensichtlich gemeint war Bundeskanzler Gerhard Schröder, der zum vierten Mal verheiratet ist.
Meisner nimmt die Alt-68er aufs Korn: Zum Thema Kindererziehung sagte Meisner: "Sehen Sie sich diese Eltern an! Viele gehören noch zu den 68ern. Das sind metaphysische Asylanten, Obdachlose. Die wissen nicht, wo sie hingehören."
Unerschütterliches Vertrauen zu seinem Gott: Zur Frage nach der Möglichkeit eines Terroranschlags auf den Weltjugendtag 2005 sagte Meisner: "Gott wird uns vor einer Katastrophe schützen."
Abtreibungen mit Hitlers Massenmord verglichen: "Zuerst Herodes, der die Kinder von Bethlehem umbringen lässt, dann unter anderem Hitler und Stalin, die Millionen Menschen vernichten ließen, und heute, in unserer Zeit, werden ungeborene Kinder millionenfach umgebracht", sagte Meißner im Jahr 2005 zum Thema Abtreibungen.